معاونت اجرایی پژوهشکده نوآوری و اقتصاد اجتماعی دانشگاه تهران مسئول مدیریت امور مالی و حسابداری است که به مدیریت و کنترل مالی پژوهشکده کمک می‌کند. این معاونت امور مربوط به حسابداری، اعم از بودجه‌بندی، صورت‌های مالی، پردازش حساب‌ها و پرداخت‌ها، و ارزیابی عملکرد مالی را بر عهده دارد. معاونت اجرایی به برنامه‌ریزی و کنترل مالی منابع اندیشکده، از جمله درآمدها و هزینه‌ها، می‌پردازد تا استفاده بهینه از منابع مالی انجام شود.
تهیه و تنظیم گزارشات مالی دوره‌ای و سالیانه برای مدیران و مراجع مالیاتی نیز از وظایف معاونت حسابداری این پژوهشکده است. معاونت اجرایی از استانداردهای حسابداری ملی و بین‌المللی پیروی می‌کند و اطمینان از رعایت قوانین مالیاتی و مقررات مربوطه را دارد. این معاونت نیز به ایجاد سیستم‌ها و فرآیندهای مدیریت مالی و حسابداری بهینه در پژوهشکده مشغول است تا بهبود عملکرد مالی را تضمین کند.
تهیه و تنظیم اسناد مربوط به معاملات مالی، از جمله قراردادها و توافق‌نامه‌ها، نیز در وظایف حسابداری این معاونت قرار دارد. این معاونت به بررسی و ارزیابی روند مالی و عملکرد مالی پژوهشکده پرداخته و گزارش‌های مربوطه را به مدیران ارائه می‌دهد. ارائه مشاوره‌های مربوط به مسائل مالی و حسابداری به مدیران و اعضای پژوهشکده نیز از وظایف معاونت حسابداری این پژوهشکده است. معاونت حسابداری این پژوهشکده با همکاری با سایر واحدها و معاونت‌های دانشگاه تهران، به بهبود روند مدیریت مالی و ارائه خدمات مالی به اعضای پژوهشکده می‌پردازد.