معاونت اجرایی پژوهشکده نوآوری و اقتصاد اجتماعی دانشگاه تهران مسئول امور اداری و پشتیبانی است که به اجرای برنامه‌ها و فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی پژوهشکده کمک می‌کند. این معاونت امور مالی، منابع انسانی، مدیریت امور دانشجویی، ارتباطات و اطلاع‌رسانی و سایر امور اداری و پشتیبانی را بر عهده دارد. تسهیل فرآیندهای اداری و اجرایی اندیشکده، از جمله برگزاری جلسات، مدیریت اسناد و فایل‌ها، و پیگیری امور مرتبط با تصمیم‌گیری‌های مدیریتی، از وظایف این معاونت است. امور مرتبط با استخدام، پرداخت حقوق و مزایا، مدیریت دانشجویان، و ارائه خدمات دانشجویی نیز به عهده این معاونت است.
این معاونت نیز مسئول ایجاد و توسعه ارتباطات با سایر دانشکده‌ها، موسسات دانشگاهی و ادارات مرتبط است. ارائه خدمات پشتیبانی فنی و فیزیکی برای فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی، از جمله مدیریت ساختمان‌ها و تجهیزات، نیز به عهده این معاونت است. این معاونت به مدیریت و پیگیری امور مربوط به پروژه‌ها، همکاری‌های بین‌المللی، و فعالیت‌های مرتبط با صنعت و بازار کار مشغول است.
تسهیل امور مربوط به مراسم و جلسات رسمی پژوهشکده، از جمله مراسم فارغ‌التحصیلی و جشنواره‌های مختلف، نیز در وظایف این معاونت است. معاونت اجرایی پژوهشکده نوآوری و اقتصاد همچنین به ایجاد و ارتقاء فرهنگ سازمانی و هماهنگی میان واحدهای مختلف پژوهشکده مشغول است. این معاونت در تلاش است تا با بهره‌گیری از منابع و توانمندی‌های موجود، بهترین خدمات اداری و پشتیبانی را برای اعضای پژوهشکده فراهم کند.