معاونت علمی در پژوهشکده نوآوری و اقتصاد اجتماعی مسئولیت تسهیل فعالیت های پژوهشی و علمی را دارد، از جمله تدوین برنامه های آموزشی و تحقیقاتی، همکاری با اساتید و پژوهشگران برای ارتقاء استانداردها و ایجاد ارتباط با صنعت و دیگر ارگان های مرتبط. معاونت علمی می تواند در زمینه های مختلفی از جمله توسعه فناوری های مالی، مدیریت ریسک و تحقیقات اجتماعی فعالیت داشته باشد. این معاونت به توسعه منابع انسانی مرتبط با این زمینه ها کمک می کند و با سایر ادارات و موسسات همکاری کند.